Доброго всем вечера!

Проблем не будет. При расчете НДС берутся выставленные и полученные счет-фактуры. По факту вы оплатите НДС с оказанных услуг, и если у вас есть в том же квартале, какие либо затраты (аренда, или какие нибудь услуги) с НДС, то на этот НДС можно уменьшить НДС к уплате за оказанные услуги.

я совет дам: наймите грамотного бухгалтера, иначе вас ждет печальная участь. Говорю как главбух.

здесь не возмещение (если ты услугу оказываешь) а к уплате в бюджет. но сумма ндс формируется более сложно = НДС от реализации - НДС от покупок + НДС с авансов полученных - НДС с авансов выданных - НДС ранее оплаченный с авансов полученных при условии что была реализация по данному авансу + НДС ранее зачтенный с авансов выданных при условии что была покупка по данному авансу

Счёт - это документ, не содержащий проводку. При подаче документов на возмещение НДС счета не предоставляются, они налоговую вообще не интересуют. Это если отвечать конкретно на ваш вопрос. Но очень хочется добавить: если ваше ООО или ИП (вы не написали) работает на ОСНО, т. е. является плательщиком НДС, то вам не обойтись без бухгалтера, хотя бы дистанционно. Иначе вас действительно ждёт "печалька", поскольку надо вести бухгалтерский и налоговый учёт, а вы "чуть-чуть не в ладах" с какой-то "бумажной" бухгалтерией. Квартал только начался, а вы уже знаете, что у вас будет НДС к возмещению?