Изменился КПП. Что делать?

У организации основной КПП не изменился.
1.При переходе на ЕНВД по отдельным видам деятельности присваивается второй КПП для этого вида деятельности. Например изначально КПП при регистрации 245701001, при переходе на вмененку присваивается дополнительно 245705001 (например). Это КПП для ЕНВД и его нужно указывать с 01.01.2015 в декларации по ЕНВД (и только).
2. Новый КПП по ЕНВД может так же быть присвоен если Вы открыли деятельность в другом насел. пункте, который не подчиняется налоговому органу по месту регистрации ООО.
По-моему скромному мнению, уведомлять здесь никого не нужно. ( ни органы, ни контрагентов), т. к. КПП при регистрации у Вас не поменялся, а Вам дали дополнительный КПП, который указывается только Вами в декларациях по ЕНВД,

Это КПП используется при сдачи отчетности по ЕНВД и уплаты налога ЕНВД, проставляется в документах, выдаваемых при реализации товара на ЕНВД.

всех контрагентов

Когда будете выписывать счета своим заказчикам, указывайте тот КПП, по какому виду деятельности ждете оплаты. Например, у вас два вида деятельности- по УСНО и по ЕНВД. На мой взгляд сообщить в банк необходимо и предоставить копию уведомления о присвоении КПП.
Т. о. у вас будет раздельный учет, чего и добиваются налоговики. Когда они запросят у банка по вашему р/с выписку, к вам никто не сможет придраться. Ну, а в отчетах, это само собой, будете разделять КПП по видам деятельности.