Добрый день, коллеги! Подскажите пожалуйста правовую базу. ИП (патент + УСН 6%)

Есть общее правило, сформулировать которое можно так: куда сдаем отчетность, туда и платим налоги (оно не записано, а так сказать, логически сфомированное).
Исходя из этого, смотрим:

В соответствии со статьей 346.23 Налогового кодекса РФ декларацию по УСН ИП сдает по месту жительства.
Что такое место жительства можно прочесть в статье 11 все того же кодекса: это — место его регистрации. Уточню: постоянной регистрации; временная используется только тогда, когда постоянная отсутствует.
Так что если ИП имеет постоянную регистрацию в городе Москве, для налоговой место его жительства — это город Москва.

Страховые взносы ИП может уплачивать в двух видах: за работников и за себя.
Порядок уплаты страховых взносов за работников указан в статье 431 НК РФ и там ясно сказано: расчеты предоставляются в инспекцию по месту жительства самого ИП. Исключений (например, в отношении работников этого ИП, фактически работающих в другом месте) нет.
Исходя из полного содержания главы 34, «за себя» ИП взносы уплачивает по месту учета, а это, собственно, и есть место регистрации.

С НДФЛ — сложнее, так как для этого налога «место учета» ИП - это не только место жительства, но разобраться можно. В соответствии с пунктом 7 статьи 226 Налогового кодекса предоставлять расчеты и перечислять удержанный налог ИП обязан как по месту своего учета в качестве предпринимателя, так и по месту учета по месту осуществления деятельности, подпадающей под ЕНВД или патент.
Значит, и расчеты, и платежи по этому налогу придется разделить — в соответствии с тем, где и как трудятся работники.

Патент — система особая и глава 26.5 Кодекса специально оговаривает, что от ИП требуется дополнительная постановка на учет — по месту осуществления патентной деятельности (статья 346.46), а сам налог уплачивается по месту этой самой постановки на учет (ст. 346.51).

Вот теперь формируем ответ:
Так как деятельность, в отношении которой оформлен патент, ИП ведет в Московской области, то именно в Московской области он:
- уплачивает патент,
- предоставляет расчет 6-НДФЛ, справки 2-НДФЛ и уплачивает НДФЛ в отношении работников, занятых в деятельности, подпадающей под патент.
Так как ИП имеет постоянную регистрацию по городу Москве, для целей налогообложения именно город Москва является местом жительства (регистрации, учета). Следовательно, все, что патента не касается, ведется по Москве. Именно в Москве:
- предоставляется декларация УСН и оплачивается налог УСН (независимо от фактического места ведения деятельности),
- предоставляется расчет по страховым взносам и оплачиваются страховые взносы (в разбивке по фондам) — по всем работникам, независимо от места работы,
- уплачиваются фиксированные страховые взносы, в том числе и дополнительный (независимо от места получения дохода),
- предоставляется расчет 6-НДФЛ, справки 2-НДФЛ и уплачивается НДФЛ с доходов всех работников (за исключением тех, которые заняты в патентной деятельности).

Права новая ИФНС по городу Москве.

Согласно пункту 83 НК ИП встает на учет по месту жительства и вправе осуществлять свою деятельность на территории России, кроме случаев, когда особый режим налогообложения применяется в отдельных регионах и для применения необходимо подать заявление, то есть по сути встать на учет по месту применения особого режима налогообложения.
По патенту вы не сдаете отчеты, а только уплачиваете налог по месту выдачи патента.
Раз вы патент приписали магазинам, то вероятно доход от аренды не под патентом, а стало быть по доходу отчитываетесь по месту регистрации ИП или по месту постановки на учет ИП в регионе, где находится недвижимое имущество, принадлежащее ИП на праве собственности.
Пункт 7 статьи 226 НК: "Налоговые агенты - ИП, которые состоят в налоговом органе на учете по месту осуществления деятельности в связи с применением патентной системы налогообложения, с доходов наемных работников обязаны перечислять исчисленные и удержанные суммы налога в бюджет по месту своего учета в связи с осуществлением такой деятельности." То есть по месту получения патента уплачивается НДФЛ за работников, а не по месту регистрации статуса ИП.
Пункт 4 статьи 431 НК: "Расчет по страховым взносам предоставляется в налоговый орган по месту жительства физического лица, производящего выплаты физическим лицам." То есть не по месту нахождения магазинов, а по месту жительства. И уплата страховых взносов производится туда, куда расчет предоставляете.
Это для организаций иные правила, а ИП не создает обособленные подразделения, поэтому тут всё проще.