Нужны ли кружки научного атеизма, знакомящие школьников с научной методологией познания мира

На самом деле, говорите о кружке философии и логики. В нем как раз будет место здравому рассуждению о мире, его составе и свойствах, дискуссиям и спорам, в которых у подрастающего поколения будет рождаться собственная логика рассуждения. Однозначно это лучше, чем уроки слова божьего

Как я понимаю, Вы говорите не о школьных кружках, а о самоорганизованных?
Для того, чтобы создавать нечто подобное, Вы ОБЯЗАНЫ иметь соответствующее образование и лицензию на подобную деятельность. Иначе вреда от таких кружков будет больше, чем пользы.
Вообще, жизненный опыт показывает, что большинство таких стихийных кружков - рассадники самого темного невежества под видом наукообразия.
Кроме того, это бесполезно в принципе. Необязательные занятия, так сказать, "за идею", требуют глубокой сознательности и заинтересованности аудитории. Школьники же в подавляющем большинстве своем в подобных занятиях не заинтересованы, и Вам потребуются просто невероятные усилия, чтобы их к себе привлечь. Думаю, что, в конце концов, ходить к Вам на кружки будут (если будут вообще) только те ученики, у которых и с мировоззрением, и с логикой и так все в порядке.
Наконец, атеизм имеет к науке примерно такое же отношение, как и христианство. Поэтому, если Вы все-таки рискнете, организовать подобный кружок, назовите его как-нибудь по-другому, наподобие того, как посоветовал Моисеев Андрей.

Обязательно. А то пихают уже своих богов, куда ни попадя.

Вообще-то этим должна заниматься школа.

Разумеется нужны. Только скорее не научного атеизма, а просто науки. Ведь чтобы сделать заключение о наличии или отсутствие кого или чего либо, нужно проанализировать 100% предмета.
В данном случае мы ищем высшие силы в мире, а значит нужно досконально изучить до самой мельчайшей частицы ВСЮ вселенную. Все галактики и звездные системы.
Когда это будет сделано, то можно будет заявить о торжестве атеизма.
Но на данный момент мы даже в Марианскую впадину заглянуть не можем. И под землю больше чем на n километров. Что уж там говорить о звездных системах, которых еще столько, что в некоторых языках и чисел таких нет.
А пока стопроцентно утверждать о наличие или отсутствие кого либо это невежество. Ну если следовать логике и критически мыслить.
Хотя задумка у тебя интересная

Конечно нужны. Критическое мышление полезно. Не важно, атеизм это, или другое направления ориентации мозгов :) Разные точки зрения вырабатывают свою личную позицию
PS ТОчнее, вашу позицию. Извините за безграмотность))