В 1546 Антонио да Сангалло Младший умер. Теперь всеми работами стал руководить Микеланджело. Он всячески отказывался от этого, говоря, что архитектура не его дело (вспомните, он и живопись считал не своим делом и неохотно поначалу согласился взяться за роспись потолка Сикстинской капеллы) . Вазари посвящает этой истории яркий рассказ в биографии Микеланджело. В тот год Микеланджело было 72 года. Он возглавлял работами до самой своей смерти в 1564, то есть 18 лет. Микеланджело вновь возвращается к фигуре греческого креста.

План Микеланджело
Но на Микеланджело колебания в выборе основного пана Собора не закончились. Нужно было дождаться прихода Карло Мадерно, чтобы собор св. Петра приобрел свой окончательный архитектурный облик. В 1605 папа Павел V приказал разобрать все, что оставалось от древней базилики, снести недостроенный фасад и удлинить неф. Таким образом, в основе пана собора опять оказался латинский крест.

План Мадерно
Теперешний фасад и портик Собора - творение Карло Мадерно. 18 ноября 1626 года папа Урбан VIII освятил собор.
Но вернемся к Микеланджело. Именно он спроектировал тот купол, который, в конце концов, увенчал Собор. Задуман купол был еще Браманте. Но к моменту его смерти закончены были только пилястры и соединяющие их арки.

Купол собора св. Петра. Арх. Микеланджело.
Все восемнадцать лет работы Микеланджело были отданы строительству купола. В качестве модели Микеланджело остановился на куполе Флорентийского собора, сооруженном Брунеллески. При этом он укрепил колонны, считая, что они были слабы. По свидетельству Вазари, «он их частично расширил, пристроив сбоку две витые или винтовые лестницы с пологими ступеньками, по которым вьючные животные доставляли материалы до самого верха, а также и люди могут подниматься по ним верхом на лошади до верхнего уровня» . Это интересная деталь, хотя бы до некоторой степени проясняющая вопросы инженерного решения постройки этого уникального по своим масштабам здания.
Хотя Микеланджело и спроектировал купол, но увидеть собор завершенным ему не суждено было. Он успел возвести лишь барабан для купола. Круглый свод был закончен лишь в 1590. В венчающем купол так называемом глазе помещена надпись, прославляющая папу Сикста V, в последний год понтификата которого было завершено строительство собора св. Петра. Высота купола до верхушки креста 136,57 м, его внутренний диаметр – 42,56 м.
На кольце купола надпись по-латински:
TU ES PETRUS ET SUPER HANC PETRAM AEDIFICABO ECCLESIAM MEAM
ET TIBI DABO CLAVES REGNI CAELORUM
[«Ты - Петр, и на сем камне Я создам Церковь Мою, и дам тебе ключи Царства Небесного» . – Мф 16: 18 - 19]
