Церковь была построена в 1165 году при князе Андрее Боголюбском после гибели его сына Изяслава. Существуют гипотезы о том, что Изяслав погребён на нерлинском холме, либо в самой церкви.
Церковь освящена в честь праздника Покрова Богородицы, установленного на Руси в середине XII века (около 1164 года) по инициативе Андрея Боголюбского. Это первая церковь Покрова на Руси. По легенде, камень для постройки церкви был вывезен из покорённого Андреем Боголюбским булгарского царства.
Не только храм необычен, но и место, где он стоит. Храм выстроили в месте слияния рек Нерли и Клязьмы, на заливных лугах, в низине. Чтобы храм не заливало водой, пришлось разработать специальный проект. Над фундаментом, заглубленным на 1, 3 метра выстроили стены высотой 3, 7 метров – основание церкви. Его скрыли землей, и так образовался рукотворный круглый холм правильной формы, на котором стоит церковь.
По свидетельствам археологов, в старые времена весь холм был выложен белым камнем, а к пристани на реке вели ступени. Белый нарядный храм встречал корабли, идущие из Суздали во Владимир. В половодье реки заливают луга возле храма, и он стоит на маленьком островке суши, как бы повисая между водой и небом. Или высится прямо из воды в особенно сильные разливы.
