Почему в Санкт-Петербурге во многих домах на верхнем этаже окна меньше, чем на первых этажах?

Вполне может быть!)
Это такое невольное нарушение проекта!
Есть дома постройки 80-90-х годов XX века, которые построены военными строителями (были такие части - стройбат в Армии...)
Так вот, в подобных некоторых домах на последних этажах потолки ниже на 10-15 см от 2, 5 м проектной высоты, углы сходящихся стен - непрямые, и т. д.
некоторые сведения по теме - http://www.gazeta.bn.ru/articles/2013/02/01/100809.html

в Новосибирске тоже были дома с высокими первым и вторым этажами, там внизу были магазины или учреждения и второй этаж улучшенные квартиры и остальные квартиры статусом пониже, допустим на проспекте Дзержинского, ректору вуза давали огромную квартиру улучшенной планировки, а учительница начальных классов жила на верхнем этаже - без семьи, одна, но в уютной и светлой комнатке, не в бараке, это в 60 -е годы для молодых специалистов было вполне удачно . Сама живу в доме, где в первом этаже большие арочные окна, либо магазин, либо сберкасса там располагались, потому, что дом выходит на главную улицу района, а про какие то стройбаты я впервые слышу, что за чушь - может в поселке каком то дальнем ...сейчас дома шикарные строят, а дома 30 годов без ванны и горячей воды сносят . В вопросе нет информации о времени постройки домов и конкретно -где, тогда я могу рассказать надстроен этот дом был другим архитектором или сразу такой строили .

Что за бред?) Живу в пяти этажке и все нормально. Знаю другие дома, бывала там... Впервые слышу подобное.

Прочнее строение, это к старинным, конечно и комнаты меньше