Иоганн Эрнст Глюк родился в 1652 г. в Веттине, близ Магдебурга (Саксония) в семье священника. Он изучал богословие и восточные языки в Виттенбергском и Лейденском университетах. В 1673 г. Глюк поселился в Лифляндии, проповедовал слово Божие, изучил латышский язык и решил сделать перевод Священного писания для латышей. Но, понимая, что недостаточно хорошо знает еврейский и греческий, Глюк отправляется в Гамбург для совершенствования знания этих языков. В 1680 г. Глюк возвратился в Лифляндию и уже через три года стал пастором в Мариенбурге и Зельтингофе, а потом и старшим священником (пробстом) восточных земель Лифляндии, граничащих с московским государством.
При взятии Мариенбурга Глюк был уже известен в России. Б. П. Шереметев известил Петра I о пленении Глюка, и государь распорядился привести того в Москву, решив, очевидно, использовать его знания. А вместе с Глюком в Москву прибыла и жившая в его семье служанка Марта Скавронская, которой суждено будет сыграть не последнюю роль в истории России. Именно она станет женой Петра, а потом и самовластной императрицей Екатериной I.
6 января 1703 г. пленников доставили в Москву в здание Разрядного приказа, а уже 19 января велено было «свеянина Апта» (такое звание дают Глюку документы того времени) , который умеет «многим школьным и математическим и философским наукам на разных языках» , взять для «государева дела» в Посольский приказ.
Царь Петр инспектирует гимназистов.
Эрнст Глюк руководил школой с февраля 1703 по май 1705 г. 5 мая 1705 г. он скончался.
Похоронили Глюка на лютеранском кладбище в Немецкой слободе. Позже, когда это кладбище было уничтожено, прах пастора перенесли на старое немецкое кладбище в Марьиной роще. В 30-х годах XX в. и это кладбище было уничтожено, хотя могила пастора Глюка уже тогда была затеряна.
