Бонавентура родился в 1221 году в Баньореджио (в Тоскане) .
Существует легенда, что, будучи еще ребенком, он опасно заболел, и, когда врачи отчаялись в его выздоровлении, мать обратилась с молитвой к св. Франциску Ассизскому, благодаря чему мальчик выздоровел. После выздоровления маленький Джованни получил второе имя - Buona Ventura (дитя счастья) . Таким образом, с самого детства он был под благословением св. Франциска и, когда решался вопрос об обучении, выбор был предопределен этим событием.
Известность Бонавентуры-проповедника не уступала его славе как богослова. В Париже и во всей Франции, в Германии, Испании и Италии красноречие, простота и глубина его проповедей одинаково увлекали и высших церковных сановников, и мирян. Доминиканец Фома Аквинский и францисканец Бонавентура, одновременно преподававшие в Парижском университете, сыграли одинаково важную роль в поддержке и реабилитации новых нищенствующих орденов: доминиканского ордена братьев-проповедников и францисканского ордена братьев-миноритов. 2 февраля 1257 Бонавентура был избран генералом ордена францисканцев. Это стало завершением его преподавательской, но не богословской карьеры: в последующий период им было написано множество философских и теологических трактатов, сочинений, посвященных духу и жизни францисканского ордена, и трудов по мистическому богословию. В качестве генерала ордена Бонавентура посещал своих собратьев во всей Европе, председательствовал на генеральных капитулах ордена и умело руководил своим быстро растущим орденом. В 1272 папа Григорий X убедил его принять сан кардинала и епископа Альбанского, а двумя годами позже направил его в качестве своего официального представителя на Лионский собор (1274). Временно оставив руководство орденом ради участия в этом соборе, Бонавентура добился на нем кратковременного примирения Восточных и Западной церквей. Однако вскоре после этого, в ночь с 14 на 15 июля 1274, Бонавентура скончался в возрасте 53 лет и был похоронен в церкви францисканцев в Лионе.
В 1434 мощи Бонавентуры были перенесены в церковь св. Франциска в Лионе, а его рука – на его родину, в Баньореджио. Однако во время гугенотского восстания мощи (за исключением головы) сгорели; голову святого аналогичная участь постигла уже в период Французской революции.
Сикст IV причислил Бонавентуру в 1482 году к лику святых, а Сикст V в 1587 году к величайшим учителям церкви.
