В чём смысл фильма "Планета Ка-Пекс"? Он действительно был инопланетянином?

Да. Действительно.
Иначе как бы он привел те вычисления
и показал движения орбит своей родной системы.
Передовые астрономы и то деталей не знали, а он знал.

Смысл в том, что это не важно. А вот людям он реально помог, тому же Хауи.

Он был инопланетянином который использовал тело человека.

Сама идея этого фильма в том и заключена. Человек должен задуматься инопланетянин он или нет. И в ходе рассуждения прийти к выводу, "да это не особо и важно". Ведь в данном случае важными являются мысли и идеи, которые он довел до людей.
Эта история из того же разряда, что и размышления о библии. В библии прописано, что был иисус. Он жил. Умер на кресте... И так далее... Правда ли это... почти гарантированно если это было, то все уже давно переврали 50 раз и реальной истории там 2%. Но так ли это важно. Библия это не сказка о существовании старого капризного старичка с замашками жесточайшего тоталитарного диктатора но при этом обладающего безграничной силой. Библия это прежде всего идея. И эта идея о взаимности, взаимопомощи и так далее. Идея которая значительно выше, чем любые сверхсильные существа.... Ведь она действительно приносит пользу. Вне зависимости от того, есть ли бог или он фальшивка

У главного героя была психологическая травма, он был (насколько помню) астрономом-любителем, остальное"игры разума".Так бывает, если боль слишком тяжела