Какой комплект документов необходим для подачи в налоговую инспекцию для перерегистрации ООО в связи с внесением изменен

Заявление по форме Р13001 (рекомендованые ФНС - найти можно на сайте www.nalog.ru).
Устав в новой редакции
Протокол общего собрания, на котором была утверждена нов. редакчия устава (или Решение участника, если он единственный)
Оригинал квитанции об уплате госпошлины (400р.) . Если платите через электронные платежные системы, то надо распечатать платежку, пойти в банк и попросить, чтоб поставили отметку о списании ден. средств и синий штампик.
В Москве, в 46-й налоговой принимают именно такой комплект.

Насколько я знаю, порядок еще не определен

Уточню.
1.Заявление по форме Р13001 ( сайт www.nalog.ru или есть в Консультант+).Заверить подпись Заявителя у нотариуса, с собой брать все Свидетельства и Уставы. Не все нотариусы Заверяют подпись Заявителя без выписки из ЕГРЮЛ, поэтому предварительно уточните у нотариуса по телефону.
2.Устав в новой редакции
3.Протокол общего собрания, или Решение единственного участника об утверждении Устава в новой редакции
4.Оригинал платежного поручения об уплате госпошлины (400р. ) с отметкой банка об оплате ( КБК см. сайт www.nalog.ru "Заполнить платежное поручение )Платить только от организации.
5.Не везде ИФНС возвращает Устав заверенный ИФНС, поэтому надо заплатить госпошлину из расчета 200 руб за один экземпляр (еще платежка +письмо на выдачу Устава). Надо уточнять. Не нашла Основания бесплатного предоставления ИФНС Обществу (возврата) Устава после регистрации в новой редакции.