как вывести умершего участника из ООО

Никак Вы не можете "ВЫВЕСТИ умершего участника из ООО"!!!
(Живой участник мог сам заявить о выходе из состава участников, живого - можно вывести решением суда. Но умершие заявления не пишут и иски к ним судами не принимаются!!! )
Но Вы можете (если это предусмотрено Вашим Уставом)
отказать наследникам умершего участника в согласии на переход к ним доли умершего. В этом случае доля умершего переходит к ООО, а ООО обязано выплатить наследникам умершего участника действительную стоимость этой доли, определенную на основании данных бухгалтерской отчетности, либо с их согласия выдать им в натуре имущество такой же стоимости (п. 5. ст. 23 ФЗ "Об ООО").
Если у умершего наследников нет, то его доля считается вымороченным имуществом и переходит в порядке наследования по закону в собственность РФ (п. 1 и 2 ст. 1151 ГК РФ) .
Само ООО НАСЛЕДОВАТЬ своему умершему участнику НЕ МОЖЕТ НИКОГДА, кроме случая наследования непосредственно в силу завещания.

если у умершего нет наследников, то в общем порядке ООО наследует его долюи вносятся изменения в учредительные документы, которые потом регистрируются в ИФНС, если наследники есть, то также принимаются в состав учредителей и опять же регистрируются изменения. Можно с наследниками договориться о выкупе доли.

Решать с наследниками нать, если есть Если их нет то с госудаством