Как ограничить в дееспособности (если можно так выразиться) юридическое лицо?

Никак не лишить, лицензию на деятельность кроме того не все юридические лица иметь должны, а лишь только те деятельность которых подлежит лицензированию.
С предыдущим ответом все же не согласен. Дееспособность у ЮЛ все же есть, появляется в один момент с правоспособностью с созданием ЮЛ.

Лишает или ограничивает дееспособность только суд..

Нет, у юридического лица есть только правоспособность. В случаях, предусмотренных законом, юридическое лицо может заниматься отдельными видами деятельности только на основании специального разрешения (лицензии) , членства в саморегулируемой организации или выданного саморегулируемой организацией свидетельства о допуске к определенному виду работ. Правоспособность юридического лица возникает с момента внесения в единый государственный реестр юридических лиц сведений о его создании и прекращается в момент внесения в указанный реестр сведений о его прекращении. Право юридического лица осуществлять деятельность, для занятия которой необходимо получение специального разрешения (лицензии) , членство в саморегулируемой организации или получение свидетельства саморегулируемой организации о допуске к определенному виду работ, возникает с момента получения такого разрешения (лицензии) или в указанный в нем срок либо с момента вступления юридического лица в саморегулируемую организацию или выдачи саморегулируемой организацией свидетельства о допуске к определенному виду работ и прекращается при прекращении действия разрешения (лицензии) , членства в саморегулируемой организации или выданного саморегулируемой организацией свидетельства о допуске к определенному виду работ.
ГК - не предусматривает такого понятия как дееспособность юридического лица, все правомочия которые открываются с даты получения и прекращаются с даты прекращения действия (отзыва) - охватываются понятием правоспособность.

У юридического лица не может быть дееспособности... есть правоспособность