Учредитель ООО (100% от уставного капитала) продает 90% юр лицу (фонду). Ка правильно составить пакет документов. У...

Не совсем правильно и кой-чего упущено:
- Уч. договор, формы Р13001 и Р1400, квитанции гос пошлины - да, все так.
- По Уставу - в зависимости от содержания старого Устава можно попытаться обойтись Изменениями к Уставу (в части сведений о новом участнике и его доле) .
- Договор о продаже доли - должен быть, но преъявлять его в ИФНС - обязанности нет.
- Решение единственного участника (учредителя) о продаже доли - принимать не требуется (и свою волю, и согласие с ней он выразил, подписав договор) , а предъявлять это Решение в ИФНС - нет и обязанности, и оснований.
НЕ ХВАТАЕТ:
- Уведомление в ООО о состоявшейся уступке части доли в уставном капитале ООО со ссылко на договор (с отметкой о дате получения за подписью директора и печатью ООО) , т. к. именно с этого момента Приобретатель части доли в уставном капитале ООО осуществляет права и несет обязанности участника (п. 6 ст. 21 ФЗ Об ООО) .
- Решение (Протокол собрания с датой после Уведомления) обоих участников об утверждении Устава (Изменений в Устав) и уч. договора.
Вот теперь - все.
Все сказанное относится к действиям (и документам) до 01.07.2009г. , после этого действуют новые нормы ФЗ "Об ООО" и "О гос. регистрации юр. лиц"
И еще - Продавцу доли морально подготовиться к подаче в след. году Декларации по форме 3-НДФЛ (о полученном доходе за счет продажи доли) и уплате налога по п. п. 2 п. 1 ст. 228 НК РФ (или офрмлении имущественного налогового вычета по п. п. 1. п. 1 ст. 220 НК РФ) .
Удачи.

правильно