Если в HDD битые сектора в самом начале диска и их всего два, это что значит? От чего они там могли появится?

В начале чаще всего от неожиданного отключения питания или отключения света в доме. Нужен бесперебойный блок питания.

// это что значит// -- тому уйма причин - от внезапного выключение компьютера до зараза и системных ошибок

Всё что угодно. Начиная от полного апокалипсиса с отслоением магнитного слоя, заканчивая безобидными логическими бэдами.

они обычно и появляются в начале, реже в середине, а дальше чаще всего идеально

мож то MBR как "битые" определяет

Hard Disk Sentinel Standard - бесплатная лицензия
http://www.comss.info/page.php?al=Hard_Disk_Sentinel_Standard
Получите бесплатную лицензию Hard Disk Sentinel Standard 4.60 (обычная цена 19.50$).
Hard Disk Sentinel осуществляет мониторинг и анализ состояния жёстких дисков, их производительности и мощности. Используя Hard Disk Sentinel, вы сможете найти, протестировать, диагностировать и исправить все неполадки с жёстким диском. При обнаружении каких-либо проблем Hard Disk Sentinel сообщает об этом пользователю.
Hard Disk Sentinel осуществляет мониторинг состояния диска, отслеживает тем-пературы и значения S.M.A.R.T. для каждого диска, измеряет скорость передачи данных в режиме реального времени. Hard Disk Sentinel — совершенное решение для защиты данных! В отличие от Standard профессиональная версия (Professional) име-ет опции для резервирования данных периодически или при обнаружении проблем.

Бывает. Надо полечить.

софт бэды могут быть а может и царапина.
G-List надо изучать

Всё что угодно. Начиная от полного апокалипсиса с отслоением магнитного слоя, заканчивая безобидными логическими бэдами.