Как обрезать поверхность HDD программно?

ПРосканируй для начала весь диск любой прогой для тестирования дисков в режиме проверки Verify. Удобнее всего викторией, так как она указывает адреса и мегабайты на которых неисправные секторы диска.
Затем с помощью проги для создания разделов создай локальный диск примерного размера что и посвреждённые области. Например в самом начале гигабайт 50, что обычно используется системой. Затем создай ещё один локальный диск на остальное пространство диска, а предыдущий удали. Та область что ты удалил останется неразмеченной и не будет использоваться системой во время работы. Советую отделять область где много зелёных секторов.

Ты долго еще дрочить этот диск будешь? неделю уже его мучаешь. Партишн меджик любой возьми или акронис

Любым "редактором" разделов создай раздел "до" неисправной части, раздел содержащий неисправности и раздел "после", удали второй и пользуйся

PS: Естественно это сработает если неисправности сосредоточены в одном месте, а не "размазаны" по диску

А частички металла, соскобленные головкой с блина где расположены битые секторы? Не летают в замкнутом пространстве и не попадают снова в зазор между головками и блинами?

Любым партишен менеджером.

акронисом или его аналогами сжимаешь область чтобы рабочий раздел вышел за пределы поврежденной области и все

Фигня всё это. Если он начал сыпать бэдами - значит он сдох. Если ты будешь его дальше юзать - ты потеряешь куда больше всего. 500Гб жёсткий - по херне стоит. Максимум 2 куска. За 2 куска можно SSD на 240Гб взять