Плинтус из дуба шпон отличается цветом после покраски бесцветным лаком, это нормально?

Структура натурального дерева совсем не может быть однородной... Шпон хоть и не назовешь полноценным материалом, но он хорошо представляет собой тонкую натуральную деревянную пленку из которого сделан и цветом может отличатся друг от друга... Тангентальные срезы дуба отличаются от радиальных и в нем могут быть даже вкрапления текстуры от белого до темно коричневого цвета.
Ваш плинтус имеет очень незначительный перепад в цвете. Другое дело в его подборе, когда есть выбор, то есть темные к темным, светлые тона к светлым, но это такая мелочь, что не стоит выеденного яйца, через день забудете и заставите мебелью)
Лак всегда выявляет текстуру, делая её насыщеннее и темнее, это нормально.

Твёрдая порода дерева-это не обязательно дуб.
Может быть и бук.

Мы дубовый плинтус покрыли воском. Структуру хорошо видно, древесина защищена и да, цвет на плашках не везде одинаковый

Это нормально. Древесина материал неоднородный поэтому, когда важна однородность проходиться долго подбирать и крутить доски. Покрытие лаком, маслом, воском, морилкой всегда изменяет цвет и выделяет структуру.
Если вы хотите равномерного окраса либо тщательно выбирайте элементы либо берите пластик или МДФ.

разные партии, разная поверхность. бывает.

дуб-деревенский, светлый, обыкновенный т. д. знаешь сколько разновидностей? свет падет под углом-оттенок другой уже. конечно и цвет от лака изменится. Я б на вашем месте, темнее подобрал бы, под самый темный, у вас на полу разные оттенки. но это дело каждого.