Должен ли помощник прокурора согласовать свою позицию с прокурором, прежде чем принять решение об отказе от обвинения

Как тут верно Вам отвечали - по закону помощник прокурора выступающий в роли государтсвенного обвинителя не должен согласовывать свою позицию с прокурором. У нас и следователь по закону также лицо процессуально самостоятельное, что у людей имеющих (имевших) отношение к системе, вызывает улыбку.
На практике же в прокуратуре один из заместителей прокурора курирует УСО (отдел гос. обвинителей) , вот с ним-то гос. обвинители и согласовывают свою позицию по делу. Также если у гос. обвинителя появляются "трудности" по делу - надо отказываться от обвинения в части или полностью, забрать дело в порядке ст. 237 УПК РФ, то в прокуратуре нашего района гос. обвинитель помимо того, что ставит в известность зам. прокурора по УСО, еще и докладывает об этой ситуации на общем утреннем совещании, где ситуацию обсуждают и решают, как лучше поступить.

официально-конечно нет-присутсвующий гособъвинитель самостоятельно принимает решение и обосновывает свою позицию-только скандал который разразиться немедленно дойдет до прокурора-потому что судья позвонит в прокуратуру и вежливо поинтересуеться-не состоит ли на учете в дурке присутсвующий на суде гособъвинитель? ? естественно это последнее его участние в суде как гособъвинителя :)) конечно все решения которые будут приниматься в суде решаються еще в прокуратуре-что и как он должен сделать

Не должен, если работает последний день в данной конторе, например, со следующего дня уходит на пенсию.
В противном случае, на следующий день ему сделают предложение, от которого он не сможет отказаться. НАСТОЯТЕЛЬНО предложат найти другую работу.

А Вы думаете, что когда-нибудь они самостоятельно принимают решения?

Ни в УПК ни в з-не "О прокуратуре" это не регламентируется.
В соответствии с внутренними приказами и указаниями- требуется. Это касается, например, расхождения позиций гос. обвинителя с обвинительным заключением в части квалификации действий лица. Встречается и частичный отказ- "убирают " одну статью из нескольких.

должен. однозначно, даже при обсурдности обвинения не откажется.

Прокурор даёт подчиненному поручение о поддержании государственного обвинения.
Государственный обвинитель при существенном расхождении его позиции с позицией, выраженной в обвинительном заключении или обвинительном акте, докладывает об этом прокурору, поручившему поддерживать государственное обвинение.
Прокурор в случае принципиального несогласия с позицией обвинителя, исходя из законности и обоснованности предъявленного обвинения, своевременно решает вопрос о замене обвинителя либо сам поддерживает обвинение.
Считается недопустимым любое давление на государственных обвинителей, принуждение их к отстаиванию выводов органов предварительного расследования, не подтвержденных исследованными в ходе судебного разбирательства доказательствами.