на предприятие заведено уголовное дело

Ответсвенным лицам (руководству, бухгалтерии, и в соответствии с последними веениями (разъяснениями) - уполномоченным лицам по доверенности (как соучастникам) грозит уголовная ответственность (смотри ст. ст. 159, 160 Уголовного кодекса) .
Также скорее всего официальный арест имущества, либо неформальный арест (так называемые прокурорские галочки в уполномоченных гос. органах) .
Возможна административная ответственность (в случае недостаточность доказательств на уголовку) - всё зависит от состава преступления (правонарушения) . Также в соответствии со статьей 2.1. Кодекса РФ об административных правонарушениях Назначение административного наказания юридическому лицу не освобождает от административной ответственности за данное правонарушение виновное физическое лицо, равно как и привлечение к административной или уголовной ответственности физического лица не освобождает от административной ответственности за данное правонарушение юридическое лицо (также всё зависит от состава) .
В рамках уголовки скорее всего милиция (Прокуратура) попробует уговорить налоговиков провести выездную налоговую проверку или проведут контрольную закупку.. .
Утверждайте в следствии (в объяснениях, протоколах) , что рассматриваемые уголовные дела не подлежат уголовному и административному регулированию, а являются гражданско-правовыми спорами, которые разрешаются в рамках граждажданского права. Но тут надо юристу постараться. И не за что не давайте показаний, которые могут Вас облечить, как преступную группу - "у Вас не было не какого сговора - один не знал, что делает другой".

Само предприятие ответчиком никак не может быть. Как правило формулировка звучит так" Предприятием, в лице его гендиректора ...было нарушено (ны) ..." .Что в итоге светит вашему предприятию, зависит от его финансовой прочности.

Кристина в отношении юр. лица не может быть возбуждено уголовное дело, только в отношении ее руководителя, если его умысел докажут, то сядет. В арбитражном суде с вас взыщут долги решением суда, выдадут истцу исполлист и приставы будут в принудительном порядке исполнять решение суда. Последствия могут привести к банкротству предприятия.

Уголовной ответственности юридические лица не подлежат! Скорее всего к ней привлекается руководство и главный бухгалтер.