14/11/2011 подали аппеляцию в районный суд

Чегой-то они там значит перепутали. Предлагаю прояснить этот вопрос и дам Вам действительно дельный совет:
ОБЯЗАТЕЛЬНО обжаловать в апелляционном порядке. Пока назначат заседание в апелляционной инстанции, пока "рассмотритесь", глядишь и примут "третий пакет медведевских поправок в части либерализации" в УК РФ (проект № 556784-5 уже принят во втором чтении, на 17.11.11. - стоит в повестке ГД) , где 129 ч. 1 УК РФ будет ДЕКРИМИНАЛИЗИРОВАНА, а следовательно в отношении Вас прекратят дело по РЕАБИЛИТИРУЮЩИМ основаниям (т. к. приговор НЕ вступит в законную силу все это время) . Если же не успеют принять изменения в УК, обжалуйте дальше в кассационном порядке (снова пока назначат, пока рассмотрят) - тогда точно успеют изменения в законную силу вступить (а все это время Ваш приговор не вступает в законную силу) .
P.S. Уголовное дело подлежит прекращению по основанию, предусмотренному п. 2 ч. 1 ст. 24 УПК РФ (за отсутствием состава преступления) , в случае, когда до вступления приговора в законную силу преступность и наказуемость этого деяния были устранены новым уголовным законом (ч. 2 ст. 24 УПК РФ).

Значит судья расценил Вашу жалобу как замечания на протокол судебного заседания.

Вам не отказано в апелляции - Вы же сами пишете, что мировой судья отклонил замечания на протокол с/з.

отказано в исправлении протокола, согласно вашим замечаниям. Но аппеляция - это совершенно другое действие. Не согласны, подавайте аппеляционную жалобу, единственное, что вы не сможете вновь ссылаться га обстоятельства, указанные в отклоненном заявлении