1) Генетика.
Такое возможно в том случае, если Ваши оба родителя гетерозиготны по резус-фактору крови, то есть он у них положительный Rh+Rh-, сцепляются два гена Rh-Rh- и получается у ребёнка отрицательный резус-фактор.
Вот таблица наследования резус-фактора крови.

2) Ошибка лаборантов.
Мне в детской больнице в 4 годика определили первую отрицательную группу крови и поставили штамп в свидетельство о рождении. Работаю медсестрой и в 20 лет ещё раз переопределила группу крови и резус-фактор, оказалась... первая положительная группа крови. Ещё потом трижды переопределила группу крови и резус-фактор, везде была и есть первая положительная группа крови.
Поэтому мой Вам совет, ещё раз пересдать анализ на группу крови и резус-фактор, не исключена у Вас точно такая же ошибка с определением резус-фактора крови.