подскажите, какой срок подачи документов на налоговый вычет?

Если имеется в виду вычет за лечение, обучение (свое и детей) , покупку недвижимого имущества (квартиры, земельного участка) , и при этом у Вас нет обязанности отчитаться по доходам (например, от продажи имущества, сдачи квартиры в наем) , то подать декларацию можно в любой день года с учетом того, что заявить к возврату можно только три предыдущих года.
Так, в 2010 году в любой день (хоть 31 декабря - главное, чтобы он был рабочим) , можно заявить вычеты:
- на лечение и обучение - по расходам, понесенным в 2007, 2008 и 2009 годах;
- на приобретение жилья (дачи, земельного участка) - по расходам, понесенным до 1 января 2010 года (ограничений нет) ; вернется налог на доходы, уплаченный в 2007, 2008 и 2009 годах.
Если Вы получили доход, помимо работы (кроме заработной платы) , например, от продажи квартиры, машины, доли в квартире и т. п. , то заявить вычет Вы можете только вместе с начислением налога с этих сделок. Тогда декларацию за 2009 год Вы обязаны подать до 30 апреля.

хм.. .
если вы работник - то при устройстве либо при появлении новых обстоятельств (рождении детей и пр. ) - вы пишите заялвение на имя работодателя с просьбой проводит налоговый вычет и прилагаете копию документа (свидетельства о рождении детей и пр. )

а уже бухгелтерия организации производит эти вычеты

Если речь идёт о налоговм вычете при продаже и покупке жилья, то заявление на налоговый вычет подаётся в налоговую до 30 апреля года, следующего за истекшим налоговым периодом.