Подскажите с какой суммы начисляются алименты с Индивидуального предпринимателя?

Алименты с индивидуального предпринимателя назначаются в твердой сумме, которая зависит от его "примерных" доходов.
В суд предприниматель приносит справку 3-НДФЛ (т. е. доходы которые он предоставил налоговой) - и документы, подтверждающие расходы на ведение бизнеса.

Из доходов вычитают расходы и смотрят, сколько примерно получится.

Если получается примерно миллион рублей за год - то вполне вероятно, что алименты назначат 20 тысяч рублей в месяц (т. е. примерно 25% от чистого дохода).

Но тут возникает очевидная проблема - индивидуальный предприниматель может уклонятся от налогов и в справке 3-НДФЛ будет написано 2 копейки. Кроме того, индивидуальный предприниматель может покупать машины/квартиры/дачи и дома "для нужд фирмы", записывать это все как свои "расходы на бизнес" и получится что чистой прибыли у него и нет.
Т. е. вариантов уменьшить сумму алиментов у ИП предостаточно.

Для получателя в этом случае будет неплохо если ТДС будет назначена как 25% со средней по России - около 8 тысяч, как написали выше

Трудно доказать доход. Поэтому, чаще всего платят в ТДС. Это 25% от средней з/п по региону. Примерно тысяч 8.

Заявление исковое в суд о взыскании алиментов в твёрдой денежной сумме в долях от минимального прожиточного уровня на детей в вашем регионе и с последующей индексацией. Если вы из Брянской области, то он составляет 8583,00 руб., ПОСТАНОВЛЕНИЕ ПРАВИТЕЛЬСТВА БРЯНСКОЙ ОБЛАСТИ от 17 апреля 2015 г. №158-п ОБ УСТАНОВЛЕНИИ ВЕЛИЧИНЫ ПРОЖИТОЧНОГО МИНИМУМА НА ДУШУ НАСЕЛЕНИЯ И ПО ОСНОВНЫМ СОЦИАЛЬНО-ДЕМОГРАФИЧЕСКИМ ГРУППАМ НАСЕЛЕНИЯ В БРЯНСКОЙ ОБЛАСТИ ЗА I КВАРТАЛ 2015 ГОДА. На второй квартал ещё не установлено

Обычно в твердой сумме. Или добровольно оформляете соглашение о сумме или иск в суд. Суд примет решение о сумме алиментов.

Смотрите РЕШЕНИЕ СУДА. ТАМ ВСЁ написано. Повнимательней пожалуйста.

С заявленного дохода. Ради уменьшения выплат он может заявить сколько хочет.