Ст. 40. З-на об Образовании утратила силу.Платят ли теперь образ. учреждения налоги в части непредпринимательской деят.

ФЕДЕРАЛЬНЫЙ ЗАКОН
О НЕКОММЕРЧЕСКИХ ОРГАНИЗАЦИЯХ
Органы государственной власти и органы местного самоуправления в пределах своей компетенции могут оказывать некоммерческим организациям экономическую поддержку в различных формах, в том числе:
предоставление в соответствии с законодательством льгот по уплате налогов, таможенных и иных сборов и платежей некоммерческим организациям, созданным в благотворительных, образовательных, культурных и научных целях, в целях охраны здоровья граждан, развития физической культуры и спорта, других установленных законодательством целях, с учетом организационно-правовых форм некоммерческих организаций;
предоставление некоммерческим организациям иных льгот, в том числе полное или частичное освобождение от платы за пользование государственным и муниципальным имуществом;
2. Не допускается предоставление льгот по уплате налогов в индивидуальном порядке отдельным некоммерческим организациям, а также отдельным гражданам и юридическим лицам, оказывающим этим некоммерческим организациям материальную поддержку.
НДС в любом случае есть право не уплачивать согласно гл 21 НК РФ, земельный налог - местный, и льготы устанавливаются местным законодательством, по прибыли - см. ст. 251 НК РФ, смотря какие у Вас доходы могут не признаваться в целях налоообложения

ПОСТАНОВЛЕНИЕ ФАС ВСО от 03.10.2007 N А19-1637/07-11-Ф02-7134/07
Льгота, предусматривающая освобождение образовательных учреждений от уплаты земельного налога, установленная пунктом 3 статьи 40 Закона "Об образовании", действовала до введения в действие главы 31 НК РФ "Земельный налог", то есть до 01.01.2005. С этого момента льготы по уплате земельного налога для образовательных учреждений отсутствуют.

Постановление ФАС Московского округа от 25.06.2009 N КА-А41/5784-09 по делу N А41-19373/08
Арбитражный суд отказал в признании незаконным действия налогового органа, выразившегося в отказе в приеме заявления на проведение зачета сумм, указанных в декларациях по НДС, поскольку установил, что заявитель знал о наличии у него права не уплачивать НДС, так как применял льготу, предусмотренную п. 3 ст. 40 Закона РФ "Об образовании", и не уплачивал НДС; кроме того, уточненные декларации по НДС поданы заявителем после истечения установленного ст. 78 НК РФ трехлетнего срока.