Если работодатель делает отчисления в ПФ все, как положено, но не платит налоги (т. н. 13% из з/п), это косяк Компании?

Такого не может быть, раз делают отчисления в ПФ РФ, то и в налоговую предоставляют отчетность и платят НДФЛ. Иначе их давно бы уже вычислили. Скорее всего никуда не платят, а насчет взносов в ПФ РФ просто врут.

Скорее всего работодатель "водит вас за нос", говоря вам о том, что взносы в ПФР, ФСС и Медстрах - им оплачиваются в полном объеме. Делает это он с той целью, чтобы вы не беспокоились за свою пенсию. Страховые взносы в ПФР - 22 %. Со всей очевидностью это больше 13% НДФЛ. Сами подумайте, в чем логика, платить 22%, но не платить 13%. При том, что уплачивая страховые взносы, работодатель, тем самым показывает (раскрывается) контролирующим органом, что у такого работодателя есть работники. Очевидно, что в данном случае не платится ни 13%, ни 22%.

Работодатель является налоговым агентом в отношении уплаты НДФЛ за работника. Ответственность за не перечисление несёт работодатель. Вопрос старый как мир).

П/s. Вопрос ставите неправильно, потому так и отвечают. Такой схемы когда зарплата указана с трудовом договоре и именно с этой суммы уплачиваются платежи в ПФР, ФСС и ФОМС, а НДФЛ не уплачивается нет, ФНС может игнорировать какое-то время, но в итоге платить придётся. Единственная рабочая схема сейчас это 0.25 от оклада с соответствующим штатным расписанием, и доп. соглашением в трудовому договору на работу 2 часа в день (если 8 часовой взят в договоре за основу).