МФЦ отказало мне в праве выписать временно прописанного иностранного гражданина. Это правомерно ?

и чем МФЦ аргументировало отказ? если временно был зарегистрирован, то без проблем выпишут по заявлению собственника.. а вот если вы его зарегистрировали в своей квартире постоянно, то только с его письменного заявления или по решению суда

МФЦ не занимается ни пропиской, ни выпиской-это компетенция органов по вопросам миграции МВД России. МФЦ- посредник между гражданами и МВД
Если иностранный гражданин стоял у вас на миграционном учёте на срок 90 суток и выехал из страны, то он автоматически снят с учёта при выезде.
Если он выехал из вашей квартиры, но не выехал из страны-обратитесь письменно в ОВМ ОМВД по месту жительства и его снимут с учёта

Вы собственник или наниматель? Лицу сколько лет?

нет прописки в РФ уже боле 25 лет

Федеральный закон от 18.07.2006 N 109-ФЗ (ред. от 29.07.2018) "О миграционном учете иностранных граждан и лиц без гражданства в Российской Федерации"
Статья 23. Основания и порядок снятия иностранных граждан с учета по месту пребывания
http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_61569/44dd79657b71ea0d65a8f69f7ddf7ec8bb320fec/
1. Снятие иностранного гражданина с учета по месту пребывания осуществляется в случае:
...
5) убытия иностранного гражданина из места пребывания, за исключением случаев, предусмотренных пунктами 1 - 4 настоящей части.
(п. 5 введен Федеральным законом от 29.07.2018 N 257-ФЗ)
Обратите внимание, что. п. 5- новеллла, в МФЦ спят в одном ботинке и не знают, или Вы- не принимающая сторона.
-------
2. Снятие иностранного гражданина с учета по месту пребывания осуществляется органом миграционного учета:
....
5) по основанию, предусмотренному пунктом 5 части 1 настоящей статьи, - после получения уведомления об убытии иностранного гражданина из места пребывания.
(п. 5 введен Федеральным законом от 29.07.2018 N 257-ФЗ)
------------
2.2. Уведомление об убытии иностранного гражданина из места пребывания представляется принимающей стороной в соответствующий орган миграционного учета непосредственно или через многофункциональный центр либо направляется в установленном порядке почтовым отправлением.
(часть 2.2 введена Федеральным законом от 29.07.2018 N 257-ФЗ)
2.3. Форма уведомления об убытии иностранного гражданина из места пребывания, перечень содержащихся в нем сведений, требования к его оформлению, порядок его направления в орган миграционного учета, в том числе в форме электронного документа, сроки хранения копии указанного уведомления в многофункциональном центре или организации федеральной почтовой связи устанавливаются федеральным органом исполнительной власти в сфере миграции.
(часть 2.3 введена Федеральным законом от 29.07.2018 N 257-ФЗ)
------
Обратитесь в орган иммигр. учета непосредственно, и заполните уведомление, если Вы- принимающая сторона.

вы наверно не участвовали в его временной регистрации, либо ему нет 18

это прописать можно просто прийти и прописать а вот что бы выписать тут труднее -только через суд, хотя сейчас пытаются в думе принять закон по которому можно будет снять иностранных граждан с регистрации без суда, но еще не приняли

прописки нет, есть регистрация по месту проживания и месту прибывания.
А чем обосновали отказ?
Требуйте анулирования временно регистрации