Какие буквы русского языка не в одном слове не бывают сдвоенными?

"Ё", "Й", "Ш", "Щ", "Ъ", "Ы", "Ь".

"А" удваивается (Исаак) , "Г" удваивается (багги) , "Ж" удваивается (дрожжи) , "З" удваивается (беззаветный) , "У" удваивается (полуустав) , "Ф" удваивается (оффензива) , "Х" удваивается (трёхходовой) , "Ц" удваивается (пицца) , "Ч" удваивается (каприччио) , "Ю", "Я" удваиваются (синюю, синяя) .

На двойное "Э" в орфографическом словаре Лопатина (2000) есть несколько примеров: бэтээр, бээмпэшка, гэдээровский.

На "Ё", похоже, примеров нет, хотя есть языки (например, финский) , где бывает öö - надо поискать такие географические названия и что с ними сделали при переводе на русский.

Насчёт "Ш" - не исключено, что в немецком бывает schsch, schsp, schst на стыке основ. Тоже надо искать.

Мягкий и твёрдый знак, "й краткое". А Ваш пример - просто иностранные слова, "которые надо запомнить" вроде "Филипп" - ВООБЩЕ непроизносимое двойное П!

В приведённых "интеллигент", "атолл", "коралл" сдвоенные "л" потому что слова нерусские.
Вообще, по-моему, кроме сдвоенного "н", в исконных русских словах нет сдвоенных букв.
Приходит на ум вышедшее из употребления только "итти".
Ах да, ещё же "длинношеее". Ну, там строенное вообще.

Их много! Вот прям по алфавиту прошлась:
А, Г, Ё, Ж, З, Й, У, Ф (если не считать оффшор русским словом) , Х, Ц, Ч, Э, Ю, Я. Про мягкие-твёрдые Вам уже написали.
P.S.: если ошиблась, напишите, пожалуйста!

твердый и мягкий знаки не сдваиваются ну никак!

ха

а, ё,й, у, х, ч, ш, щ, ъ, ы, ь, э
Кажется только эти :))