Почему "ВУЗ" пишут маленькими буквами и склоняют в мужском роде, когда это аббревиатура с главным словом "заведение"??

Это не исключение, а случай общеупотребительной практики, противоречащей нормам. Однако "ВУЗ приняло учеников" - это неправильно, т. к. в соответствии с правилами звуковые аббревиатуры с опорным существительным женского и среднего рода не склоняются (исключение - МИД) .
Одно из главных требований, предъявляемых к речи: она должна быть понятной адресату (ведь это её основная функция) . Значит, следует держаться традиционно сложившихся употребления и написания.
Рано или поздно языковое явление, ставшее общеупотребительным, становится нормой. Этот процесс отстаёт от разговорной практики, и это оправданно. (Но это уже отдельная тема) .
Насчёт сворачивания ушей в трубочку очень с Вами согласна! Но такие вещи нормами не станут. Одного факта общеупотребительности языкового явления недостаточно, чтобы сделать его нормой. В словарях будет подчёркиваться, что такое употребление неправильное.
Вот пример, как было побеждено такое явление: слово "молодёжь" многие произносили с ударением на первом слоге "м'олодежь". Но после песни, ставшей популярной, ситуация исправилась. В этой песне был припев: "Эту песню напевает молодёжь, эту песню не задушишь, не убьёшь".

Согласен с Вами. Но у русском языке, к сожалению, очень много отступлений от правила.

А с чего вы взяли, что у каждого исключения обязательно должен быть "авторитетный" источник? Язык меняется вместе с культурой и вместе с народом. Если миллионы людей решат, что вуз - это уже НЕ аббревиатура, и вуз - мужского рода, то так оно и будет невзирая на авторитеты. И пройдет 50-100 лет, как это будет закреплено правилом.. . Тем более, что подавляющее большинство ВУЗов - это университеты и институты (оба, заметьте, МУЖСКОГО рода) . Странно было бы сказать: "Наш ВУЗ, Томский политехнический университет, принялО студентов".

Кто сказал, что "кофе" - это "он"? С чего? Что напиток? А может, не напиток, а питьё? Или варево, или настойка? И с чего, например, ксерокс пишут с маленькой буквы (ведь это название компании) и считают его мужского рода? Компания - ведь она. Так что правильно говорить "Наш Ксерокс зажевалА бумагу". А "отксерить" - это вообще атас. Тогда, нужно говорить по названию вашего копировального аппарата: откэнонить, отхьюлетпакардить, отъэпсонить, отъоливеттить.. . И т. д.. .

К примеру, где-то читал, что и мат - понятие относительное. Например, во времена Пушкина часть слов, которые сейчас считаются матом, им совсем не были, а слово "елда", например, в те времена было ОЧЕНЬ ругательным (а сейчас - чуть ли не литературное).. . Ну, и кто прав? О_о

м. р.: МИД, ТАСС, ЗАГС, ДОСААФ, вуз, ЖЭК
В учебнике 6кл.: некоторые сложносокращенные слова, оканчивающиеся на твердый согласный отн-ся к м. р.