Какая разница между...

Айнзацгруппы полиции безопасности и СД - специальные подразделения СД для проведения карательных операций на оккупированных территориях.
Для действий в оккупированных европейских странах в подчинённых айнзацгруппам айнзацкомандах были образованы отделы, которые организационно соответствовали РСХА (Главное управление имперской безопасности) в государственной полиции, криминальной полиции и СД. После основания оккупационного управления мобильные айнзацгруппы и команды были преобразованы в стационарные части.
В каждой оккупированной стране или области был назначен руководитель полиции безопасности и СД, которому подчинялись командиры полиции безопасности.
Приказы приходили от РСХА и передавались местным руководителем командирам отделов.
Эта схема могла быть нарушена только прямыми указаниями высшего руководства СС и полиции, если они служили выполнению особых заданий этого органа управления СС и полиции. Дальнейшее, но редкое исключение из правила представляло собой делавшееся иногда Гиммлером переподчинение органов полиции безопасности местным гражданским властям.

Зондеркоманда - это не какое-то определенное воинское формирование с четко обозначенными функциями.
Зондеркоманда в переводе - специальный отряд,
Так назывались самые различные формирования специального назначения.
В зависимости от выполняемых функций и места действия имели свое конкретное руководство.
Например, зондеркоманда концлагеря Освенцим - особое подразделение узников Освенцима
(состоявшая из заключенных лагеря) , которое было предназначено для сопровождения заключённых в газовую камеру, а затем для обработки и уничтожения трупов. Находилась в подчинении руководства лагеря Освенцим.
А Зондеркоманда Эльба, проект ВВС Германии, это специальный отряд, в который набирались летчики-добровольцы, которые обучались на облегчённых модификациях «Messerschmitt Bf.109», которые с помощью определенной тактики должны были нанести ощутимый вред ВВС союзников.
Находились в ведении Люфтваффе.

То есть, Айнзацгруппы - это подразделения в структуре Главного управления имперской безопастности, а Зондеркоманда - любой отряд специального назначения вне зависимости от функций