как выгоднее съездить в Прагу? своим ходом или брать тур? как вообще обычно по деньгам выходит?

Вы и сами можете посчитать. Зайдите на сайт davs.ru или kayak.com, узнаете стоимость билета. Потом, заходите на booking.com и ищете отель, который вас устраивает по цене (лучше выбирать по рейтингу не меньше 7-8). При выборе билета обратите внимание, включен ли налог. Таким образом, вы найдете мин сумму, которую Вам уже нужно иметь с собой. Если хотите достопримечательности, то лучше тоже искать самой.
У меня был опыт: отдыхали в Ницце (самостоятельно) , хотели посетить Монте-Карло. По путевке, через агенство, отель и пр. это стоило 70 евро на человека. Вроде немного, но решили спросить у местных, как далеко Монте-Карло и как туда обраться. Оказалось: 30 минут на автобусе (очень и очень комфортабельном) , цена которого всего 1!!!!евро. Так что, вместо 150 мы потратили всего 2 евро. Разница, как вы видите весьма ощутима.
Но, все зависит от вас...

В Прагу - скорее всего, пакетный тур будет дешевле.

Ждите горящие туры. Они часто бывают. Только надо иметь мульти шенген, чтобы по горящей рвануть) )
Если не ждать ничего, то сейчас в Неве есть туры от 14 816 р на человека на 5 дней.

почти уверен, по путёвке, неделя в праге, будет дешевле. +если турист живёт в заднице, не надо ехать в посольство лично.

скорее всего по путевке (если поискать в правильном месте) будет дешевле. навскидку неделя в праге стои 250-300 евро. Своим ходом одни билеты могут дороже обойтись.