Хочу съездить с ребенком (6 лет) в Санкт-Петербург . Как лучше организовать поездку, чтобы ему надолго запомнилось ?

:) Вспомнить, чем ребенок увлекается, к чему более склонен, и учитывая его желания.
Туда и отправиться :)
Из общезанятных - речное такси, бегают аквабусики быстро и поперек волн, восторг обеспечен;
- полуденный выстврел в Петропавловке;
- там же музей космонавтики со скафандром и возможностью в нем сфотографироваться.
Царю на колени только не сажайте ребенка, пожалуйста, не приучайте в подобному отношению к памятникам.
- музей ж\д техники под открытым небом. Это бывший Варшавский вокзал.
- традиционно, Аврора.

Эти места и лиричному киндеру интересны будут.
А дальше, как захочется.
Ещё Океанариум с акулами можно посетить и аттракционы на Диво острове.
Не перегружайте эмоционально, чтобы отторжения не получить :)

Дети 6 лет запоминают то, что доступно их воображению, их пока мало интересуют
архитекторы и их творения. Они устают в музеях, если бывают там подолгу, перехлёст эмоций идёт. Зоопарк можно. Карусели - качели. Метро, если у вас в городе нет.
Обычные радости детства: мороженое, солнце, папа рядом... так что следуйте за его выносливостью и восприимчивостью, не перегружайте психику, не надо гнаться за количеством впечатлений, они хотят развлечений и радости.. . но и от них устают,
прокатитесь с ним по городу, хорошо бы на лошадке, на речном трамвайчике по Неве, сводите человечка на площадь Декабристов.. . там чувствуешь масштабы и просторы,
постойте на берегу, спуститесь по гранитным ступеням к воде. Мосты, город, колонны, река. Аничков мост мне, скажем, нравится очень, как символ. Уже достаточно для него
на первый день.
А потом в сквере у казанского Собора посидите с мороженым или бананом и полюбуйтесь обычным днём и горожанами. Дети любят бросать хлеб чайкам или уткам, голубям.. .
И это запоминают. В Зоопарк можно сходить. В Эрмитаж рановато, я думаю.
А вот в музей Арктики я бы сводила. Детям нравятся чучела пингвинов, медведей и пр.
Там интересно,
Удачной вам поездки.

Если это мальчик, то сводите его в Музей Артиллерии, в Военно-Морской музей и свозите в Кронштадт.