Кто знает, почему у лимона ветка толще ствола ?

хорошо, что вообще жив - грунт чем то закрыт и заклеен, корни не дышат, вряд ли грунт подходящий и подкормки, вряд ли была холодная зимовка, мало света и свежего воздуха, крона не сформирована, подпорка какая- то....
даже если все исправить, нормального плодоношения Вы от него скорее всего уже не дождетесь,
но если посадить в нормальный грунт для цитрусов (обязательно с дренажем на дно), поставить на светлое место, регулярно подкармливать и организовывать прохладную зимовку - вполне может нарастить хорошую крону и цвести
только нужно будет обрезать стерильным секатором (лезвия протрите хлоргексидином или водкой), чтобы над грунтом осталось сантиметров 10, срез замазать садовым варом и до появления новых листьев подержать под парничком (в большом пластиковом стакане или пакете прозрачном дырочек для проветривания сделайте, и закройте)
срезаный верх нарежьте на черенки сантиметров по 10 - 15 и укорените
укореняют цитрусовые так: http://www.citrus.abc64.ru/chooseplanting19.htm
я перед укоренением ставлю на несколько часов в медовую воду (чайная ложка натурального меда на стакан кипяченой воды) - и отбраковка (если срез почернеет - сразу можно на выброс), и профилактика грибковых заболеваний, и - запас сахаров и микроэлементов, благодаря которым лучше укореняется и в последствии быстрее зацветает
в дальнейшем не забывайте крону формировать - у хорошего взрослого лимона должны быть ветки как минимум 4-го порядка (а у Вас на фото только 1-го, и та "волчок")
формируют крону так: http://www.bestgardener.ru/advice/adv_54.shtml

Да плохо видно что там со стволом у него

Может, это привой? Тогда неудивительно, культурные сорта мощнее дичков.

скорее всего он почуял что продолжение ствола