Есть ли разница каким браузером юзать инет с точки зрения защиты от вирусов, троянов и прочей ерунды?

Есть разница. Бывают браузеры, которые страдают автозапуском всего и вся на веб-странице (обычно IE). Бывают браузеры, которые не страдают такой напастью.
Можно составить веб-страничку с определённым содержанием и заманить туда человека с IE каким-либо образом (например, чрез завлекательскую ссылку в письме) , при этом на комп человека молча автоматом грузится программа и запускается.
Посмотрите, сколько и как часто выпускаются обновления для Виндоуза и IE. И сравните количество обновлений для Линюкса и, скажем Konqueror

Разница есть. Самый опасный, в смысле беззащитный, стандартный IE.

защита дело антивируса, но есть браузеры которые блокируют всплывающие окна, баннеры

Браузер никак не защитит от вирусов, какие бы навороты
в нём (в браузере) не присутствовали. Нужны, естественно,
нормальные антивирус/файерволл (по крайней мере, не Аваст,
не NOD32 и не Каспер).

Разница есть.
Вирусы, трояны используют дыры а браузерах для доступа.

Я в шоке тут бреда понаписовали.... Спросили есть или нету.... Есть и существенная!

Разница есть. Некоторые вирусы используют дыры в программном обеспечении конкретного браузера

Есть конечно.
Вирусы и трояны используют в том числе уязвимости браузеров.

с этой точки зрения безопасны firefox и opera (при скачивании обновлений)
хотя если постоянно обновлять то IE не так уж ужасен. хотя колчиество дыр, которые нужно атать все равно больше.

[здесь бы не помешала ссылка на источники, но как есть]