Новый Windows, чистый от всего. Начинаю качать какой-нибудь торрент начинает тормозитьвплоть до зависания. У меня в 2 HDD

скачай старую версию программы до 3.1 версии позднее сильно грузят комп, а именно жёсткие диски причина не ясна
http://torrent-clients.ru/utorrent/nastrojka-utorrent.php

Однозначно советую потратить немного времени на изменение настроек (как это сделать — чуть ниже) . Это позволит не только увеличить скорость загрузки файлов, но и снизит нагрузку на жесткий диск компьютера, повысит быстродействие системы. Для возвращения к нормальной работе не нужно будет ждать окончания загрузки файла. Есть еще много нюансов, способных облегчать работу с торрентами начинающим - и не очень - пользователям. О них смотрите ниже
http://softobase.com/ru/article/rukovodstvo-polzovatelya-utorrent#.U3-NiJsqaM8

В дровах, скорее всего. Необходимо скачать свежие дрова с сайта производителя мамы и установить. В BIOS выбрать режим обращения к дискам AHCI (ХР не везде пойдёт, 7 требует установки патча, на 8/8.1 идёт автоматом).

Система х64? Бук?

Такая проблема замечена именна у программы уторрент. Никто данной причины до сих пор найти не смог. Комп при скачивании торрента уходит в ступор и все. Попробуй программу биткомет. Пользуюсь ей и о проблемах с зависаниях забыл. (У меня комп уходил в ступор хотя система у меня не слабая: core i7, 16 Гб оперативки 1 жд - SSD, 2 жд hdd)

попробуй что то с флешки перехин в комп на хард. если будит так же тормозить то дело в харде если нет то меняй место сохранение торрента и пробуй снова