Как создать уникальное расширение файла.

Я так понимаю, вопрос должен звучать "как создать собственный формат файла? ".
Ничего сложного. просто придумываешь структуру формата (заголовочную часть, секции, как всё это различать и тд. А затем просто записывает все нужные данные в файл, придерживаясь придуманного формата.

Более лёгкий путь - по сути, то. что ты хочешь, можно сделать, тупо поместив все нужные файлы + файл-описание внутрь zip архива (просто с другим расширением, не zip). Таким образом организован вордовский формат .docx например, можешь открыть любой документ ворда в архиваторе и посмотреть, как он устроен.

Для начала - продумать формат, в котором всё это будет храниться)

как насчёт зашифровать поток данных любым популярным криптоалгоритмом?
есть туева хуча библиотек под любой язык

Я могу привести пример моего приложения с моим уникальным расширением для файла. Написано на Pascal. Файл olsf ничем не отличается от txt, но olsf открывается только с данного приложения.

{$apptype windows}
{$reference 'System.Windows.Forms.dll'}
{$reference 'System.Drawing.dll'}
{$resource 'Open.png'}
{$resource 'Save.png'}
{$mainresource OLS icon.res}

uses System.Windows.Forms, System.Drawing;

const
TextFileExt = 'olsf';
TextFileIcon = 'D:\Documents\IconsFiles\Файл OLS.png';
TextFileFilter = 'OLS Files (*.'+TextFileExt+')|*.'+TextFileExt;

var
myForm: Form;
TextBox1: TextBox;

procedure SaveFile(FileName: string);
begin
//Создаем файловый поток с кодировкой Windows 1251, необходимо для корректного сохранения русских букв
var f := new System.IO.StreamWriter(FileName, false, System.Text.Encoding.Default);
f.Write(TextBox1.Text);
f.Close;
end;

procedure OpenFile(FileName: string);
begin
//Создаем файловый поток с кодировкой Windows 1251, необходимо для корректного чтения русских букв
var f := new System.IO.StreamReader(FileName, System.Text.Encoding.Default);
TextBox1.Text := f.ReadToEnd;
f.Close;
end;

procedure FormClose(sender: object; args: System.EventArgs);
begin
myForm.Close;
end;

procedure MenuSaveClick(sender:object; args:System.EventArgs);
begin
//Диалог для выбора файла
var sd := new SaveFileDialog;
//Расширение поумолчанию
sd.DefaultExt := TextFileExt;
//Фильтр для диалга
sd.Filter := TextFileFilter;
if sd.ShowDialog=DialogResult.OK then
//если результат выполнения sd.ShowDialog это нажатие кнопки подтверждения то
SaveFile(sd.FileName);
end;

procedure MenuOpenClick(sender:object; args:System.EventArgs);
begin
var sd := new OpenFileDialog;
sd.DefaultExt := TextFileExt;
sd.Filter := TextFileFilter;
if sd.ShowDialog = DialogResult.OK then
OpenFile(sd.FileName);
end;

begin
myForm := new Form;
myForm.Text := 'OLS Editor';
myForm.Icon := new Icon('С: \Documents\OrdLeaderScript\Editor\icon.ico');

TextBox1 := new TextBox;
TextBox1.Multiline := True;
TextBox1.Height := 100;
TextBox1.Dock := DockStyle.Fill;
//Полосы прокрутки
TextBox1.ScrollBars := ScrollBars.Both;
//Устанавливаем шрифт
TextBox1.Font := new System.Drawing.Font('Consolas',12);

myForm.Controls.Add(TextBox1);

//Создаем меню
var toolStrip1 := new ToolStrip;
toolStrip1.GripStyle := System.Windows.Forms.ToolStripGripStyle.Hidden;
var miFile := new ToolStripMenuItem('Файл');
miFile.DropDownItems.Add(new ToolStripMenuItem('Открыть', new System.Drawing.Bitmap(GetResourceStream('Open.png')),MenuOpenClick));
miFile.DropDownItems.Add(new ToolStripMenuItem('Сохранить как...',new System.Drawing.Bitmap(GetResourceStream('Save.png')),MenuSaveClick));
miFile.DropDownItems.Add(new ToolStripMenuItem('Выход',nil,FormClose));
toolStrip1.Items.Add(miFile);
myForm.Controls.Add(toolStrip1);

//Посмотрим в аргументы командной строки
//Если их количество = 1, то открываем
if CommandLineArgs.Length = 1 then
OpenFile(CommandLineArgs[0]);

Application.Run(myForm);
end.