Задача. Есть несколько множеств множеств с числом элементов от 1 до 3 - пересечения возможны. Далее внутри...

т. е.:
A) 2+2 предпочтительнее 1+3
Б) 3 предпочтительнее 2+1
В) 2 предпочтительнее 1+1

ну, вот и алгоритм:

выписываем одноэлементные множества:
{1}, {4}, {5}, {3}, {2}

применяем правила и обрабатываем варианты.

группируем по два в соответствии с правилом В:
{1, 4} и {1, 5} не являются подмножеством ни одного множества, отбрасываем
{1, 3}, {1, 2}, {4, 5}, {3, 4}, {2, 4}, {3, 5}, {4, 2} являются подмножествами, обрабатываем каждый:
{1, 3}, {2}, {4}, {5}
{1, 2}, {3}, {4}, {5}
{4, 5}, {1}, {2}, {3}
{3, 4}, {1}, {2}, {5}
{2, 4}, {1}, {3}, {5}
{3, 5}, {1}, {2}, {4}
{4, 2}, {1}, {3}, {5}

рассмотрим, например, ветку {1, 3}, {2}, {4}, {5}
применяем правило В, получаем ветки
{1, 3}, {2, 4}, {5}
{1, 3}, {4, 5}, {2}
опять обрабатываем каждую.

для ветки {1, 3}, {2, 4}, {5} больше ни одно из правил не применимо.
подсчитываем рекорд: сумму отклонений размеров множеств от 3: 1+1+2 = 4

для ветки {1, 3}, {4, 5}, {2} применимо правило Б, получаем:
{1,2, 3}, {4, 5}
больше правила неприменимы, подсчитываем рекорд: 0+1=1
значит, этот результат предпочтительнее.

и т. д.

Ну удали все что больше одного. но при этом оставь по одному, упорядчить любой сортировкой, и разбить на два массива делением длины напополам и округление к большему.