Как удалить папку system32 используя язык java

Программно удалять каталоги - это немного не то же самое, что в экспорере кликнуть Delete или нажать Shift-Del.

1. Удалить можно только пустой каталог. Поэтому сначала придётся удалить из него все файлы и подкаталоги. Открываем каталог, итерируемся по его файлам и удаляем их. Встретили подкаталог - рекурсивно идём туда и всё повторяем.
2. Для system32 нужны админские права. Если пользователь - админ, то не факт, что каждый выполняемый им процесс имеет админский токен. Возможно, придётся дополнительно программно поприседать для его получения. Микрософтовские продукт менеджеры принадлежат к числу тех дурачков, которые считают, что если затруднить выполнение операции, то она сразу станет безопасной.
3. В Винде в каждый момент времени летят десятки процессов: сервисы, драйвера. Их экзешники находятся в system32. Это значит, что система не даст их удалить, пока процессы не завершатся.

Отсюда вывод: удалить папку system32 от исполняющейся в данный момент Винды невозможно. Можно только грохнуть пару сотен файлов в ней.

Но можно загрузить другую операционку (например, другую инсталляцию Винды или Линукс, или даже написать свою мини-операционку, умеющую только удалять system32 (но это уже не Java, смотри в сторону C); можно загрузиться с флэшки, см. Grub4Dos) и из-под неё всё удалить.

сначала нужно понять на какой именно файл указывает ошибка. удаление таких папок как систем32 может потушить комп и вы не поймёте даже как это исправить потом.

Удаление этой папки может привести к серьезным проблемам с компьютером. Я не рекомендую вам пытаться удалить эту папку. Если у вас есть проблемы с компьютером, лучше обратиться к специалисту по технической поддержке.