English. Вопрос

Денис, в данном случае неважно, что have стоит почти в конце предложения, а важно, что

1. это часть сказуемого (вся форма -- have died)
2. сказуемое представляет из себя глагол die в форме времени Present Perfect активного залога.

В современном английском языке формы времен группы Perfect всегда образуются с помощью вспомогательного глагола have. Формы Present Perfect представляют из себя сочетание глагола have в форме Present Simple и причастия II смыслового глагола.

have + died = have died
have + done = have done
have + been = have been

Поэтому заменить have на are нельзя. В предложении "Because of the drought, all of the trees have died." died само по себе (без have) -- это не форма прошедшего времени Past Simple, а причастие II. У глагола die причастие II и форма прошедшего времени Past Simple внешне совпадают. А у глагола do, например, --не совпадают: did и done. Кстати, у всех "правильных" глаголов формы прошедшего времени Past Simple и причастия II совпадают.

Почему именно на are, а не какое-нибудь другое произвольно выбранное слово? Какие-то странные фантазии, взять и поменять залог с активного на пассивный, причем у глагола, который в пассиве большого смысла не имеет: можно не самому умереть, а умереть кого-нибудь другого?
Смысл не просто измениТСЯ, а исчезнет.
Есть встречное предложение: взять да и выучить формулы образования времен и залогов (их не так много) и начать узнавать их в тексте.

речь о результате на данный момент. Поэтому используется такая видо-временная форма глагола. Почитайте про Present Perfect
Можно сказать are dead