Помогите понять несостыковку в Past Perfect

Потому что предложение "I lost my key" построено в обыкновенном Past Simple с использованием второй формы неправильного глагола "loose", у которого вторая и третья формы совпадают loose - lost - lost. Никакие они не исключения, просто построены предложения в другом времени.

langust.ru/unit_in/unit007i.shtml

Разберитесь во временах Past Perfect и Past Simple. Почитайте учебник по этим темам. На пальцах объяснять не хочется. Никаких исключений тут нет.
1) Три формы глагола "идти": go - went - gone.
Третья форма глагола to go - это 'gone'.
Следовательно:
I went downstairs. (Past Simple)
I had gone downstairs. (Past Perfect). GONE, а не WENT.
2) Три формы глагола "терять": lose - lost - lost.
Т. е. совпадают вторая и третья формы.
Следовательно:
I lost my key. (Past Simple) Lost - вторая форма глагола.
I had lost my key. (Past Perfect) Lost - третья форма глагола.
3) Три формы глагола "писать": write - wrote - written.
I wrote a letter. (Past Simple)
I had written a letter. (Past Perfect)

P.S. Орфография слова "письмо" у вас тоже неправильная.

P.P.S. Александр Бобров перепутал два разных глагола.
Есть ПРАВИЛЬНЫЙ глагол to loose,
а есть - НЕПРАВИЛЬНЫЙ to lose.
Тогда формы этих глаголов:
to loose - loosed - loosed
to lose - lost - lost.

Had в past perfect..Это когда сначала произошло одно действие, потом другое в прошлом, но обязательно связанных в одном предложении. "Когда подошёл к машине, окно было разбито"(had been broken)."Он вернулся с командировки, дома было тихо, шкаф пустой, жена ушла к любовнику/оставила его. (had left him).указывает на первоочередность в прошлом. Два действия и какое из них случилось раньше. Вот этот раньше и будет" had".