Present Simple. Сложности простого время. Почему именно так?

Глагол IS перед другим глаголом? Зачем?! Ты явно не все понял в построении простых предложений в Present Simple. Не поленись и прочитай все, что я сейчас напишу. Только начнем с утвердительных предложений, потом уже перейдем к вопросам.

1. Глагол to be (am, is, are) в Present Simple имеет совершенно определенное значение, и ставить его нужно не куда попало, а только в соответствии с этим значением:
to be = быть (являться); находиться. Примеры:
I am a schoolboy = Я являюсь школьником (правда, мы скажем короче: Я - школьник).
Tom is very clever = Том является очень умным (и опять мы сократим: Том - умный)
They are at home = Они находятся дома (короче: Они дома).
Вот из-за того, что обычно мы используем сокращенные русские фразы, у многих складывается ЛОЖНОЕ впечатление, что глагол to be вообще не переводится на русский язык. Ничего подобного! Загляни в любой англо-русский словарь - и ты найдешь там именно такой перевод (быть, являться, находиться).
И теперь тебе сразу понятно, что сочетание is know совершенно бессмысленно.

2. Переходим к построению вопроса в Present Simple. Пусть у нас есть предложение: Маша хорошо знает английский язык.
Надеюсь, ты правильно перевел: Masha knows English well.
Чтобы поставить вопрос, надо использовать вспомогательный глагол do\does :
Маша знает английский хорошо? = Does Masha know English well?
Как Маша знает англ ? = How does Masha know English?
Что Маша знает хорошо? = What does Masha know well?
Как видишь, схема простая. Но! Она нарушается, когда вопрос ставится к подлежащему - тогда вспомогательный do\does не нужен:
Кто знает английский хорошо? = Who knows English well?
Кто хочет убить Билла? = Who wants to kill Bill?
Возможно, когда-нибудь это странное исключение из общего правила отменят, и тогда станут писать Who does know English? - но это явно будет не при нашей жизни...

3. Ну, и вдобавок напомню, что этот вспомогательный глагол совершенно не нужен, когда в утверждении использован глагол to be (am, is, are) или модальный глагол (must, can, may и др.). Примеры:
(утв.) Маша - симпатичная девушка = Masha is a pretty girl.
(вопр) Маша - симпатичная девушка? = Is Masha a pretty girl?
(вопр. к подлежащему) Кто является симпатичной девушкой? = Who is a pretty girl?

сложности времЕНИ
Просто внимательно читай грамматику с примерами.
Формы is know вообще не существует.
Who knows? - вопрос к подлежащему.
Вспомогательное is нужно, когда во фразе нет своего глагола
(у нас есть - know).

А с какой стати is там должен быть? Попробуй ответить на этот вопрос (можешь даже мне в комментах) и многое прояснится.

а зачем там формы глагола "быть"?