что означает "Кибальчиш", не связано ли это с Кибальчичем, покушавшимся на царя ?

Достоверно неизвестно где А. Гайдар взял это слово. Есть только предположения. Одно из них вы уже выссказали в вопросе.

Не помню происхождения фамилии Кибальчич. Возможно, Гайдар знал и вкладывал какой-то смысл.

Мальчи́ш-Кибальчи́ш — положительный персонаж сказки Аркадия Гайдара «Сказка о Военной тайне, о Мальчише-Кибальчише и его твёрдом слове» , а также снятых по этой книге советских художественного и мультипликационного фильмов «Сказка о Мальчише-Кибальчише» . Значимый персонаж советской пропаганды для детей. Антипод персонажа — Мальчиш-Плохиш (антигерой) .

И к царю он никокого отношения не имеет..

Гайдар вроде и взял Кибльчича, только срифмовал с "мальчиш"

Кибальчиш – Кибальчишка, т. е. КАБАЛЬЧИШКА, т. е. сын, младший член семьи
КАБАЛЬНИКА, крестьянина, находившегося в кабале, бедняка, батрака.

Семья Мальчиша сиротская (нет матери, умершей, вероятно, от непосильной работы или болезни) , живут очень бедно, хотя все члены семьи постоянно и тяжело работают -
"Отец работает – сено косит. Брат работает – сено возит. Да и сам Мальчиш то отцу, то брату помогает". Несмотря на это дом у них не дом, а «домишко» .

Отец, по его признанию, хорошей жизнью никогда не жил, а жизнь круто ( т. е. плохо) прожил, а Мальчишу такой жизни он не желает.
Отец говорит Мальчишу: – Я жизнь круто прожил… и пожить за меня хорошо, видно, тебе, Мальчиш, придется.

Для предводителей, командиров Гражданской Войны предпочтительно было самое низкое, пролетарское происхождение. Для погибшего красного героя – тем более.

А по лучшему звучанию Кабальчиш превратился в Кибальчиша.

Происхождение фамилии Кибальчич - от названия профессии.
Кибальник – изготовитель или продавец кибалок (кибал) - женских головных уборов у восточно - славянских народов.