Было ли Ж/Д сообщение между Швецией и Германией в 45-ом году.

Да, было ж. д. сообщение. Курсировали, а возможно, и до сих пор курсируют жел. -дор паромы между Швецией и Данией. Эти паромы появились задолго до войны и, возможно. действовали всю войну, т. к. Дания была оккупирована Германией и боевые действия в ней никогда не велись.
Кстати, в советские времена, в 60-80-е годы, с поездом №15 Москва - Париж ходили беспересадочные вагоны Москва - Стокгольм (перецепка в Берлине) именно через эту паромную переправу

Да не было сообщения, поскольку Эресуннский мост введен в эксплуатацию в 2000 году, но всегда ходил паром, вполне возможно, что и вагоны перевозились на пароме. Знаю что у нас в Керчи и в Италии на Сицилии подобный способ практиковался.
Да, точно паром, вот кривой перевод на русский из датской Википедии - http://da.wikipedia.org/wiki/DSB

Стремление к прямым подключением вагон с Швецией и Норвегией, а также изменил условия дорожного движения в северной Германии усовершенствовали маршрутов к ней желательно. десятый Марте 1892 открылся первый паромное пара ( Хельсингера - Хельсингборг ) между Данией и Швецией, которая позже Kystbanen ( 2 августа 1897 ) присоединился, и 7 Октябрь 1895 следовал Копенгаген- Мальме после пересечения, последний переход был от 16 Август 1900 эксплуатируется совместно со шведской государственной железной дороги.
В контексте государства от 1 Январь 1893 приводной личное железнодорожной линии Orehoved - Gedser создана также из 1 Октябре 1903 вместе с Мекленбург железнодорожных 'Фридриха Франца службы паром паромной переправы между Gedser и Варнемюнде, где 'Deutsch-Nordischer Ллойда немецкой компании в Мекленбурге ранее функционировали ежедневно парохода.
Закон от 29 Марте 1904 было дано разрешение на Копенгагене нового главной железнодорожной станцией человека (открыта 1 декабря 1911 ) и различных линий в Копенгагене и окрестностях, и, кроме того, это закон о новой железнодорожной системы и т. д. 27 Май 1908 принял ряд крупных проектов по строительству железной дороги, которая увеличилась государственной железнодорожной сети значительно длину так, чтобы линия ДР общей длиной 1 Апрель 1914 составила 1,999.8 километров и с паровым паромы переходах всего 120 км, это произошло Парусный между Kalundborg и Орхусе (89 км, взяты из Объединенной компании парохода, 1 сентября 1914 ), и, наконец, DSB (с 1 апреля 1883 ) пароходов плавание в твердом ночных поездок между Korsor и Киле (133 км).

В фильме 17 мгновений весны профессор Плейшнер как раз ехал из Германии в Швецию. Возможно, что сообщение было.

сейчас ходит ночной экспресс Берлин - Мальме который согласован с поездом Мальме-Стокгольма, вагоны перевозятся через пролив на пароме. Засниц - Треллеборг

но есть мнение что в 45-м такими вещами не заморачивались

Не было. В Германию из Швеции можно попасть только через Данию, а между Швецией и Данией существует водное пространство. Сейчас там есть мост, но он был введён в эксплуатацию в 2000 году.