как ведется учет переработки в/сл, и согласно какому нормативно-правовому документу осуществляется выплата денежных сред

Ведётся в соответствии с Положением о прохождении военной службы - Указ президента РФ № 1237 - 1999 г.
Вплата осуществляется: Приказ Министра обороны Российской Федерации от 14 февраля 2010 г. N 80 г. Москва "О порядке и условиях выплаты военнослужащим Вооруженных Сил Российской Федерации, проходящим военную службу по контракту, денежной компенсации вместо предоставления дополнительных суток отдыха"

1.Учет времени привлечения военнослужащих к исполнению обязанностей военной службы в рабочие дни сверх установленной продолжительности еженедельного служебного времени и отдельно учет исполнения служебных обязанностей в выходные и праздничные дни (в часах) , а также учет (в сутках) предоставленных дополнительных суток отдыха в соответствии с п. 1 ст. 11 Федерального закона «О статусе военнослужащих» и предоставленного времени отдыха (в часах) ведется командиром подразделения в журнале. В Министерстве обороны РФ форма и порядок ведения Журнала учета времени привлечения военнослужащих, проходящих военную службу по контракту, к исполнению обязанностей военной службы в рабочие дни сверх установленной продолжительности, еженедельного служебного времени, привлечения этих военнослужащих к исполнению обязанностей военной службы в выходные и праздничные дни и предоставления им дополнительного времени отдыха установлена приказом Министра обороны РФ от 30 сентября 2002 г. № 350. "Выплата денежных средств за счет не использованных суток отдыха" за это так называемое сверхурочное время военнослужащему не осуществляется.
2. В соответствии с приказом МО РФ 2010г. №80, военнослужащему, проходящего военную службу по контракту "осуществляется выплата денежных средств за счет не использованных суток отдыха" только за время привлечения его, к мероприятиям, которые проводятся при необходимости без ограничения общей продолжительности еженедельного служебного времени ( их Перечень утв. ПМО РФ от 10 ноября 1998 года N 492). Вести журнал учёта привлечения военнослужащих к указанным мероприятиям не требуется. Основанием для выплаты являются: приказ командира части определяющий именной состав военнослужащих привлекаемых к данным мероприятиям и период привлечения; рапорт военнослужащего на получение денежной компенсации взамен дополнительных дней отдыха (2 дня отдыха за 3 дня привлечения к мероприятиям) ; приказ о выплате.

Добавлю к ответу Александра ещё НПА, это Приказ МО о мероприятиях, которые проводятся без учёта ограничения служебного времени от 10 ноября 1998 г. N 492 с изменениями

У нас в части не ведется, когда задаешь такой вопрос, в лучшем случае посмотрят как на дурака, в худшем пошлют на х...