Подскажите пожалуйста, с чего мне начать, чтоб не "наломать" дров?

Здесь ситуация следующая. В ВС РФ действительно существует такая ответственность военнослужащего, как "материальная". Но!!!! Осуществляется она совершенно не таким способом, как это описано Вами.
В жизни конечно всякое может случиться и в том числе воровство бушлата в чье-то дежурство. По факту пропажи имущества должно проводиться служебное разбирательство и в итоге должен родиться приказ командира части о наказании виновных в том числе и материальной ответственностью.
Разбирая вашу ситуацию видно, что разбирательства не проводилось и действия офицера могут квалифицироваться по разному, в том числе и как уголовное преступление.
Советую:
1. Ни в коем разе ничего и никуда не перегонять в том числе и налом и вообще никак.
2. За потерю бушлата даже должностным лицом внутреннего наряда максимально может быть дисциплинарная/материальная ответственность, но никак не уголовная.
3. Очень вероятно, что озвучивать эту историю перед командованием не захочет сам офицер, так как доклад о происшествии должен поступать немедленно, а не спустя время.
4. Солдата своего успокойте, используя п. 2,3
5. Командиру обязательно позвоните и скажите ему примерно следующее: "с моего сына, военнослужащего такого-то вымогают деньги те-то, и Вы требуете, что бы командир разобрался в данной ситуации немедленно, в противном случае обращаетесь в военную прокуратуру".
6. Вместо п. 5 конечно можно сразу написать жалобу в военную прокуратуру, но время реагирования будет не менее двух недель, а более вероятно, что и месяц.
Р. S. Возможно конечно, что Ваш сын не прав и действительно при службе в наряде создал предпосылки утрате имущества, и возможно за данное имущество ответит материально-ответсвенный офицер... но действия офицера это не оправдывает и они не должны выходить за рамки правовых отношений, и за это, я считаю, надо наказывать.
И еще... к юристу здесь обращаться не надо, если только не считать юристом сотрудника прокуратуры. Это лишняя трата денег и на отношение к вашему сыну никак не повлияет.

С вашего сына и с вас вымогают деньги. Прямая дорога в военную прокуратуру с жалобой. Одновременно обращайтесь в командиру в/ч где служит ваш сын.

Это элементаный ГОПСТОП или развод на деньги, можете сразу обратиться в прокуратуру. Уродов надо ставить на место. Чтоб не наломать дров, звоните командиру. Среди шакалов уродов хватает.

Обратитесь в военную прокуратуру гарнизона.

Ага 5 лет штрафбата как минимум... вас разводят... вы правда обратитесь к юристу как лучше поступить и к кому обратится... но только не в саму часть а выше... в части там все повязаны... но осадить этих уродов можно

Напишите письмо в военную прокуратуру и изложите все факты.

сыну по закону вообще ничего не грозит-он наполном гос обеспечении.. -спишут. А командир гавно решил нажиться-а боится он огласки... -любой.

обратитесь к юристу сначала, и погодите звонить камондиру!
иначе сыну будет еще хуже!

Уже и в Армии начинают разводить! Командира-под трибунал! Срочно к юристу!