Может ли командир части изменить регламент рабочего времени военнослужащих по контракту?

есть да же приказ в ФСО, а в МО РФ нет, вывод регламент можно игнорировать так как он не определен нормативными правовыми актами
http://base.garant.ru/196134/

На то он и командир части, что бы ежегодно своим установочным приказом утверждать этот регламент для всего личного состава части, а не только для контрактников. При этом конечно он хотя бы в своем приказе не может выходить за рамки определенные разными нормативными актами. А если в интересах службы он иногда расширяет эти рамки, то должен соответственно компенсировать это расширение согласно других нормативных актов.

А вообще как у нас говаривали в свое время, что у офицера 8-часовой рабочий день, с 8 и до 8, а так же два выходных, один зимой, другой летом.

Да как бы приказ командира-закон для подчинённого..

Стас, у военнослужащих нет рабочего времени. Есть время службы.

по приказу

В пределах 40 часов в неделю может менять. Однако в регламенте служебного времени для контрактников обязательно должно быть время для отдыха (сна) и перерыв на приём пищи (обед) . Личная переработка свыше 40 часов (наряды, дежурства) компенсируется сутками отдыха. Боевые выходы по тревоге, учения и плановые мероприятия боевой подготовки в счёт переработки не считаются. Нам даже к отпуску до 10 суток за переработку добавлять разрешали. Как сейчас с этими сутками к отпуску не знаю. Скорее всего их отменили. "Новый облик" однако рулит.

http://www.zakonrf.info/zakon-o-statuse-voennosluzhaschih/11/

Конечно может, военная часть это режимная организация.