Правомерен ли отказ в выдаче справки для получения Загранпаспорта?

Неправомерно само направление вас за справкой в военкомат. С августа 2011 года ФМС сама обязана запрашивать военкомат о наличии ограничений на выезд за границу. Так что не обязаны вы вообще бегать за этой справкой. Пусть запрашивают сами. А если в итоге все равно откажут в оформлении ЗП, то обращение к их вышестоящему начальству или в прокуратуру быстро исправит эту ситуацию. Ведь ограничение на выезд может быть только тогда, когда уже принято решение о призыве.

а вдруг ты не вернёшься?

Подайте документы на загранпаспорт и ФМС получит эту справку за вас, т. к это теперь её обязанность.

Обязаны дать Обратись в военную прокуратуру..

Вообще-то в справочке должно быть просто указано, что вы не призваны на в\службу или что в отношении вас нет решения о призыве на военную службу.
Вы не призваны, т. к. у вас отсрочка.
Решение о призыве в отношении вас не принято-оно не может быть принято без проведения соответствующих допризывных мероприятий, которые во время отсрочки не проводятся.. .
Думаю, что у вас есть все шансы для положительного решения при обращении в прокуратуру... Заодно и разберутся почему не отлажено взаимодействие между военкоматом и ФМС...

Отказ военкомата правомерен на том основании что военкомат не обязан вам выдать такую справку, но об этом должен дать вам письменный ответ в месячный срок в соответствии с 59-ФЗ "О порядке рассмотрения обращений граждан Российской Федерации" , где должен быть разъяснен порядок разрешения вашего вопроса!

да правомерно. до окончания отсрочки менее 3 месяцев.

Справка из военкомата уже 2 года как не требуется - УФМС все документы запрашивает самостоятельно.