Обязан ли я пройти обследование от военкомата во время, если у меня имеется отсрочка (обучаюсь в институте) ?

Да, обязаны.

ну и что, что обучаешься, обязан явиться по повестке и пройти обследования, ты же не в кремле работаешь, или на околоземной орбите
Согласно ч. 1 ст. 328 УК РФ, уклонение от призыва на военную службу при отсутствии законных оснований для освобождения от этой службы - наказывается штрафом в размере до двухсот тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до восемнадцати месяцев, либо арестом на срок до шести месяцев, либо лишением свободы на срок до двух лет.
Согласно п. 7 Пленума Верховного суда РФ от 3 апреля 2008 года №3, при решении вопроса о том, является ли уклонение от медицинского обследования по направлению призывной комиссии преступлением, предусмотренным частью 1 статьи 328 УК РФ, или административным правонарушением (статья 21.6 КоАП РФ), судам следует устанавливать направленность умысла лица, уклоняющегося от этого мероприятия. В случае, когда призывник не является на медицинское обследование с целью уклониться от призыва на военную службу, содеянное им должно влечь уголовную ответственность по части 1 статьи 328 УК РФ. Об этом может свидетельствовать, в частности, неявка без уважительных причин призывника в медицинскую организацию в течение срока очередного призыва на военную службу.

отсрочка предоставляется годным. Как определить вашу годность, если вы не хотите проходить обследование?

То что ты обучаешься в институте, ещё не значит, что у тебя есть отсрочка... Если ты только поступил, то отстрочку тебе оформят в военкомате после медкомиссии, а если признают не годным, то и отсрочка не понадобится - выдадут военник.

отсрочка и обследование вещи никак не связаны. университет обязан предоставить студенту возможность пройти обследование без репрессий