как правильно поставить их на место и отказаться

как принимаешь, так и сдавай - не известно кому

А вы и так уже оформили станцию на себя. Иначе вы бы не получали деньги за свою должность. Значит остался вопрос с недостачей у вас. т. к. они не хотят проводить расследование и хотят, чтобы вы всё повесили на себя, то можете смело обратиться в военную прокуратуру. Но, даже, если не обратитесь, ваши экземпляры актов спокойно послужат вам против любой попытки взыскать с вас недостачу.
Вот акты, они сданы в срок. Нет расследования? Это не моя вина!
Совет: А просто НАПИШИТЕ им (по команде) РАПОРТ, что станцию вы приняли согласно актов (укажите сроки, комиссию и дату сдачи на утверждение). А то что там кто-то не проводил расследование и недостача не взыскана с виновных, это не ваша вина. И тут же: Прошу назначить расследование, кто и по какой причине не стал проводить расследование по факту недостачи и взыскать с него всю сумму недостачи, вместо того, кого он покрывал своим бездействием. Целую в дёсна (ваша должность, звание, подпись, фамилия, инициалы, дата (месяц прописью))).
И запомните вы ПРИНЯЛИ! Это ВАША стнация. И за боеспособность отвечаете именно вы, а так же за новые недостачи, если будут. Кстати, не забудьте оформить карточки некомплектности, утвердить их и КАЖДЫЕ 3 месяца (можно и каждый месяц) по команде ан начальника службы РАПОРТОМ требовать восполнить недостачу...
Пусть покрутится.