Надо ли мириться с тем, что противоречит собственным желаниям, внутреннему Я?

С тем, что противоречит внутреннему "я" мириться не нужно.
Но как вы узнаете, что это мнение именно внутреннего "я", а не желания эго?
Для этого нужно выработать правильную личную этику. Это не так просто.

А может проще это игнорировать...

Собственные желания и внутреннее Я не всегда одно и то же. Это первое. Второе: мириться надо и полезно либо тогда, когда знаешь зачем и почему это нужно, либо когда не знаешь, но доверяешь опыту уважаемых и любимых тебе людей. . Иногда просто можно учиться на ошибках других (не обязательно симпатичных.. ) людей..

от этого болеют

Нет конечно, что же это за жизнь получится, сплошное покаяние и смирение.... Прямая дорога в монастырь!!!)

По ситуации и не на долго . Ничего страшного не случится . А по большому счету "Я" - это стержень на котором крепится Ваше естество

Мириться Не в коем случае!
НО, следите за Своими словами и действиями, чтоб не навредить ни Себе ни Людям.

Да, если это доставляет удовольствие

Если Ваше внутреннее Я важнее ВСЕГО, это печально... у меня часто возникают ситуации, когда это самое Я приходится заткнуть... всегда есть свобода выбора.

Радость утоления дикого инстинкта несравненно более интенсивна, нежели удовольствие от удовлетворения инстинкта укрощенного.

Не нужно. Всё зависит от ситуации.

сначала надо познать, что есть внутреннее Я, что ему действительно нужно