Здравствуйте, товарищи физики!) помогите познать мир)

Здравствуйте. У Вас присутствует некоторая путаница в понятиях. Преломление - это прохождение цвета через другую среду (например, через воду или стекло) , а то, что Вы имели в виду - это отражение.
Бобр всё примерно правильно написал, за исключением того, что наш глаз обращает внимание на длину волны, а не на частоту, иначе бы Солнце нам казалось бы вообще зелёным, а не желтоватым, как сейчас. Это происходит из-за того, что максимум излучения Солнца по частоте приходится на зелёный цвет, а по длине волны - на жёлтый. И на самом деле у Солнца спектр (набор длин волн из которых состоит свет от него) далёк от белого, в нём далеко не в "более-менее равной степени" распределены цвета, просто наш глаз к этому привык в процессе эволюции.
Ну вкратце, действительно - свет падает на поверхность, некоторые длины волн поглощаются, часть - преломляется (проходит через неё), остальные - отражаются. Вещества, которые определяют, какие именно цвета и в какой степени будут поглощаться - абсолютно разнообразны. Те, которые делают это очень сильно - называются пигментами (в русском языке это просто синоним слова краситель) .
Поэтому вопрос "Как именно форма, плотность и структура атома (имелось в виду молекулы? ) пигмента влияют на это? " - это тема нескольких диссертаций на 500+ страниц.
Ваш вопрос очень обширен и не совсем понятен.. . хотелось бы услышать его первоначальную формулировку или что-то подобное.

Свет- электромагнитные волны, а вот цвет, это то, как наш мозг их интрепретирует.
В самом простом случае, цвет соответствует какой-то частоте электромагнитной волны. Если свет попадает в глаз напрямую от источника (лампочки, Солнца) , то всё просто: что в глаз влетело, то мы и увидели.
А вот если не напрямую, то есть варианты.

Например, свет может отразиться от чего-то: цветные поверхности отражают не весь свет одинаково.
Предположим, падающий свет - белый, т. е. в нём более-менее в равной степени присутствуют все частоты (как от Солнца) . Цветная поверхность отражает больше частоты, соответствующие каким-то определённым цветам и тогда мы их и видим. Хитрости начинаются когда предмет отражает несколько цветов: тут мы видим не их, а комбинацию. Например, нечто отражает красный и зелёный, а все остальные поглощает. В этом случае мы увидим этот предмет не красно-зелёным, а просто желтым: тут начинает вмешиваться то, как мозг интерпретирует сигналы, полученные им от глаз.

Примерно то же самое происходит, когда мы видим свет не отраженный, а прошедший через что-то прозрачное: некоторые волны поглощаются, другие - проходят.

Кроме этого, бывают ещё кое-какие особенности восприятия: например, если сделать диск, отметить на нём сектора, раскрасить их разными цветами и закрутить достаточно быстро, то наш мозг уже не будет успевать различать разные сектора: они сольются и дуск будет виден, как будто он сплошной и одноцветный. Его цвет тоже будет результатом сложения цветов секторов. Например, если разделить его на 7 секторов и раскресить их цветами радуги, то крутящийся диск покажется нам белым (точнее - серым) : сложение всех цветов радигу даёт белый.

Ну, вкратце, примерно так.

цвет бывает двух типов, а каких я не вспомню, по ищи в програме Глилео, эксперементы.